Zdeněk Beneš v současné době pracuje v Ústavu archeologické památkové péče středních Čech a přednáší několik kurzů na Archeologickém ústavu Univerzity Karlovy v Praze. Zdeněk se zabývá výzkumem v oblasti archeologie doby římské ve střední Evropě a regionální archeologie ve středních Čechách. Jeho současným projektem jsou „Mlékojedy – sídliště z časné doby římské ve středních Čechách. Příspěvek ke studiu časně germánského osídlení v Čechách“.